Da luglio 2015 è stata allestito, all’interno degli antichi locali del Rettorato (ex convento di origini trecentesche) uno spazio in cui sono esposte parti consistenti delle collezioni e dei musei del Sistema Museale di Ateneo. Il percorso si snoda all'interno di tre sale, che corrispondono a parte dell'antico refettorio, del transetto nell'impianto settecentesco della chiesa di Santa Maria in Gradi e dell'ambiente del Coro dei Monaci.

L'allestimento è stato concepito per dare spazio e parola alle 14 strutture da cui è composto il Sistema Museale, in un itinerario che racconta - con un taglio prettamente e volutamente didattico - la genesi e la consistenza delle singole collezioni.