Modulo : 2 Cfu(6)
Programma
Modulo di spettroscopia
Spettroscopia di assorbimento: principi base, analisi spettroscopica di biopolimeri, effetti
della conformazione sull’assorbimento. Attività Ottica e misura sperimentale. Dispersione
ottica rotatoria e dicroismo circolare: Applicazione a sistemi biologici. Spettroscopia di
Fluorescenza: principi base, analisi dei fattori che governano l’intensità della fluorescenza,
proprietà dei gruppi fluorescenti, trasferimento di energia singoletto-singoletto e misura di
distanze intercromofori trasferimento di energia singoletto-singoletto e misura di distanze
intercromofori. Anisotropia di fluorescenza. Applicazioni nello studio di molecole biologiche
Spettroscopia NMR: principi generali, caratteristiche degli spettri NMR monodimensionali.
Spettroscopia NMR bidimensionale e multidimensionale per lo studio di macromolecole
biologiche. Utilizzo della spettroscopia NMR per la determinazione della struttura di proteine.
Metodi per il calcolo di strutture a partire da parametri NMR.Testi consigliati
Cantor and Schimmel: Biopysical Chemistry Parts I, II and III. W.H Freeman and Company, San
Francisco CA.
Freifelder, D., Physical Biochemistry, W.H Freeman and Company, New York.
·T. E. Creighton, Proteins: Structures and Molecular Properties. W.H Freeman and Company,
New York.
J. Cavanagh,W.J. Fairbrother, A.G. PalmerIII, N.J. Skelton, Protein NMR
Spectroscopy:Principles and Practice, Academic Press, inc.Propedeuticità
nessunaFrequenza
FacoltativaMetodologia didattica
Ore lezione: 48Valutazione del profitto
Prova oraleDescrizione dei metodi di accertamento
L'esame si svolge nelle forme stabilite dall'art. 23 del Regolamento Didattico di Ateneo. Del suo svolgimento viene redatto apposito verbale, sottoscritto dal Presidente e dai membri della commissione e dallo studente esaminato. Il voto è espresso in trentesimi, con eventuale lode. Il superamento dell'esame presuppone il conferimento di un voto non inferiore ai diciotto/trentesimi e comporta l'attribuzione dei corrispondenti crediti formativi universitari. Nella valutazione delle prova e nell’attribuzione del voto finale si terrà conto: del livello di conoscenza dei contenuti dimostrato (superficiale, appropriato, preciso e completo, completo e approfondito), della capacità di applicare i concetti teorici (errori nell’applicare i concetti, discreta, buona, ben consolidata), della capacità di analisi, di sintesi e di collegamenti interdisciplinari (sufficiente, buona, ottima), della capacità di senso critico e di formulazione di giudizi (sufficiente, buona, ottima), della padronanza di espressione (esposizione carente, semplice, chiara e corretta, sicura e corretta).
Nel corso della prova finale il candidato dovrà
a)presentare in maniera critica un lavoro scientifico che utilizzi una delle tecniche spettroscopiche trattate nel corso.
Inoltre il candidato dovra' dimostrare di sapere:
a)Scegliere la tecnica spettroscopica più adatta per risolvere il proprio problema.
b)Progettare l’esperimento.
c) Analizzare e discutere in maniera critica i risultati.Luogo lezioni
Ex Facoltà di Agraria
via San Camillo de Lellis snc
ViterboOrario lezioni
come da orario pubblicato sul sitoComunicazioni
Nel periodo Ottobre-Gennaio lunedi-giovedi 9-11
oppure in altro orario previo appuntamento da concordare via e-mail.
Nel periodo Febbraio-Giugno qualsiasi giorno previo appuntamento da concordare via mail.
Link a materiale didattico
non presente
Modulo : 1 Cfu(3)
Programma
Note introduttive: Modelli molecolari in 3D, rappresentazione e significato chimico-fisico. Banche dati di strutture molecolari e macromolecolari: Cambridge Structural Database, Protein Databank. Meccanica Molecolare: Force fields, energia potenziale delle molecole biologiche, metodi di minimizzazione dell’energia per l’esplorazione della superficie di energia potenziale.
Dinamica molecolare: evoluzione temporale di un modello molecolare; traiettoria. Dinamica molecolare a pressione e temperatura costante. Analisi delle traiettorie per il calcolo di proprietà strutturali e dinamiche di sistemi macromolecolari. Analisi conformazionale delle biomolecole.
Progettazione razionale di nuove molecole biologicamente attive mediante metodi computazionali. Applicazione di simulazioni di dinamica molecolare per lo studio di proteine, membrane biologiche, proteine di membrana, DNA ed RNATesti consigliati
A. Leach Molecular Modelling: Principles and Applications. Prentice Hall; 2 Ed
H. D. Höltje, W. Sippl, Didier Rognan, G. Folkers Molecular Modeling; Basic Principles and Applications. Wiley-VCH
Propedeuticità
NessunaFrequenza
FacoltativaMetodologia didattica
Ore lezione: 24Valutazione del profitto
Prova oraleDescrizione dei metodi di accertamento
L'esame si svolge nelle forme stabilite dall'art. 23 del Regolamento Didattico di Ateneo. Del suo svolgimento viene redatto apposito verbale, sottoscritto dal Presidente e dai membri della commissione e dallo studente esaminato. Il voto è espresso in trentesimi, con eventuale lode. Il superamento dell'esame presuppone il conferimento di un voto non inferiore ai diciotto/trentesimi e comporta l'attribuzione dei corrispondenti crediti formativi universitari. Nella valutazione delle prova e nell’attribuzione del voto finale si terrà conto: del livello di conoscenza dei contenuti dimostrato (superficiale, appropriato, preciso e completo, completo e approfondito), della capacità di applicare i concetti teorici (errori nell’applicare i concetti, discreta, buona, ben consolidata), della capacità di analisi, di sintesi e di collegamenti interdisciplinari (sufficiente, buona, ottima), della capacità di senso critico e di formulazione di giudizi (sufficiente, buona, ottima), della padronanza di espressione (esposizione carente, semplice, chiara e corretta, sicura e corretta).
L'esame sarà sostenuto in forma orale. Nel corso della prova d’esame il candidato dovrà presentare in maniera critica un lavoro scientifico che utilizzi una o più metodi trattati nel corso.
Inoltre il candidato dovrà dimostrare di sapere:
a) Scegliere la tecnica spettroscopica e i metodi computazionali più adatti per risolvere il proprio problema.
b) Progettare l’esperimento.
c) Analizzare e discutere in maniera critica i risultati.Luogo lezioni
Ex Facoltà di Agraria
via San Camillo de Lellis snc
ViterboOrario lezioni
come da orario pubblicato sul sitoComunicazioni
Martedì 12:00-13:00, giovedì 12:00-13:00 nel periodo Settembre-Dicembre
oppure qualsiasi giorno previo appuntamento da concordare via e-mail.
Dipartimento per la Innovazione nei sistemi Biologici, Agroalimentari e Forestali (DIBAF)
Largo dell’Università-Blocco D
2° Piano, Stanza 310A
Tel: 0761-357127
e-mail: borocci@unitus.itLink a materiale didattico
non presente