Il Dipartimento per la Innovazione nei sistemi Biologici, Agroalimentari e Forestali è coinvolto in numerosi progetti di ricerca internazionali, europei e nazionali, affiancati da importanti collaborazioni nazionali ed estere quali leve fondamentali per l'internazionalizzazione. Nell'ambito del monitoraggio della produttività degli ecosistemi e dei gas serra, il Dipartimento coordina a livello europeo il Centro tematico sugli Ecosistemi della Grande Infrastruttura di Ricerca Europea ESFRI-ICOS con la responsabilità del database europeo degli scambi di gas serra tra ecosistemi terrestri e atmosfera. Nell'ambito del monitoraggio idrologico, il Dipartimento coordina il gruppo Measurements and Observations della International Association of Hydrological Sciences. Il Dipartimento ha anche ottenuto negli ultimi anni uno European Research Council ERC-Advanced Grant (Africa-GhG) in collaborazione con la Fondazione Centro euroMediterraneo per i Cambiamenti Climatici (CMCC). Il Dipartimento è partner di altre due Grandi Infrastrutture di ricerca europee, ELIXIR per la bioinformatica e EMPHASIS (PHENITALY) per la fenotipizzazione di alberi e piante.

Il Dipartimento ha partecipato ad oltre trenta progetti europei FP6, FP7 e H2020, come coordinatore europeo o di unita` operativa.

Il Dipartimento e` attivo all'estero in ambito ecologico e della cooperazione internazionale con missioni scientifiche in Siberia, Nepal, Africa centrale, Cina, Taiwan e Brasile; nel campo dei beni culturali e del paesaggio con missioni archeologiche in Egitto e Turchia, cofinanziate dal Ministero degli Affari Esteri e della Cooperazione Internazionale.