Il laboratorio di Ecofisiologia Molecolare e Biotecnologie delle Piante Arboree è fornito delle attrezzature e strumentazioni necessari, nonché di locali per le indagini di fisiologia molecolare, di genotipizzazione  e di genetica molecolare delle specie arboree da frutto. In esso sono svolte attività che spaziano dal miglioramento genetico sia con metodi convenzionali sia con tecnologie di modificazione genetica, di indagini della biodiversità genetica e fenotipica, e di costituzione di frutta fortificata con attitudine funzionale.

Le principali linee di ricerca contemplano lo studio dello sviluppo delle piante arboree, lo studio dell’induzione e dello sviluppo del fiore e del frutto, il cambiamento di fase nelle piante micropropagate agamicamente, a biodiversità delle piante arboree da frutto, il metabolismo secondario, l’interazione delle piante con l’ambiente (luce e temperatura). Particolare attenzione è posto alle seguenti specie: olivo, melo, pesco, ciliegio, melograno e albicocco. Inoltre, vengono effettuati studi per la produzione di molecole bioattive e studi di fisiologia e biochimica, oltre alla valorizzazione del germoplasma frutticolo locale. Le attività in vitro e parte delle analisi di fisiologia e biochimiche sono condotte nei locali adiacente del laboratorio di Biotecnologie Vegetali e Coltura dei Tessuti in vitro.